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ChIP-seq
ChIP-seq染色质免疫共沉淀测序常见问题
1.Input和IP样本之间的关系是什么？
Input和IP属于两个样本，在前期检测、建库、测序都是平行进行的，但是分析中需要将两个样本的测序数据进行整合分析，得出终的peak结果，并进行后续分析。
2.Input是什么？有什么作用？
我们将DNA或者RNA fragmentation后，在进行免疫沉淀前，需要取一部分断裂后的染色质做Input对照（不进行免疫沉淀过程）。Input是断裂后的基因组DNA或者RNA，需要与沉淀后的样品DNA/RNA一起经过逆转交联，DNA/RNA纯化，以及后的PCR或其他方法检测。通过后续数据分析，我们可以通过Input对照排除背景噪音（排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks），验证染色质断裂的效果和整个实验中IP效果，所以Input对照是IP-seq实验*的步骤。
3.阳性对照和阴性对照是什么？
阳性对照
一般用anti-RNA polymerase II抗体，因为RNA polymerase II是通用转录因子，在所有细胞中都能结合基因的核心启动子区，因此理论上，ChIP后PCR会有条带。一般阳性对照不进行测序。
阴性对照
阴性对照分为mock和Input两种，二者均能起到减少假阳性的作用。mock：用普通IgG为抗体，理论上不会ChIP下来任何DNA fragment，因此作为阴性对照，但是由于非特异性结合，或者实验过程，没发生结合的DNA清楚不*，可能会出现条带，但是一般条带亮度较弱。IgG不需要进行测序，只是判断IP试验中所选取的抗体是否特异。
https://www.ybzhan.cn/st116441/product_13486932.html
http://www.bluescapebiotech.com/SonList-778347.html
ChIP-seq